Az endometriózis szigetek összhangban állnak a menstruációs ciklussal, mely magyarázza, hogy a panaszok rendszerint fokozódnak a menstruáció alatt. A leggyakoribb tünet a fájdalmas menstruáció, az állandó, tartós, krónikus kismedencei fájdalom, a vizelet-, illetve székletürítést kísérő fájdalom (súlyos esetben véres vizelet, illetve véres széklet) és a szexuális élet kapcsán fellépő fájdalom. Gyakran az egyedüli tünet a meddőség.
Ismert, hogy a fájdalom intenzitása és a betegség kiterjedése között nincs szoros összefüggés: igen kis eltérések is komoly fájdalmi tüneteket okozhatnak, ugyanakkor kiterjedt endometriózis is járhat akár teljes panaszmentességgel.